Para los investigadores existen dos herramientas que reunen las características de los marcadores sociales y las de los gestores bibliográficos: CiteULike y Connotea: productos de libre acceso que permiten almacenar, compartir y organizar las citas bibliográficas a través de Internet, recopilando de manera automática la información de un artículo científico o página que se esté visualizando. No obstante si de los que se trata es de marcar y compartir sitios de internet, sin más, es mejor utilizar los otros marcadores sociales "no científicos" como Del.icio.us o Diigo. En concreto, desde Connotea y CiteULike podemos:

- Almacenar las citas de documentos que nos interesan (articulos de revistas, libros, páginas web, imágenes, blogs, etc...) . Lo que almacenamos, además del enlace son los datos de autor, título, fecha de publicación, título de revista, pags, etc..., o sea los datos bibliográficos.
- Trabajar con mis citas desde cualquier sitio, a través de internet, con clave y contraseña, claro.
- Compartirlas con un grupo de personas, hacerlas privadas para nuestro uso exclusivo o hacerlas públicas y compartirlas con toda la comunidad.
- Etiquetarlas y ver que etiquetas semejantes utilizadas por otras personas. El etiquetado permitirá luego el orden y recuperación de la información que trate del mismo asunto.
- Saber si alguien ha almacenado citas como la nuestra y ver si tiene marcadas otras citas que nos puedan interesar.
- Buscar (por autor, palabras del título, etiquetas, etc..) otras citas bibliográficas que se han almacenado, ver cuántas personas la han marcado, ver los comentarios, las críticas y recuperar para nuestro almacen de citas (generalmente llamado librería) las que nos interesen.
- Importar de archivos de citas bibliográficas que ya tenemos en nuestro ordenador: Connotea importa archivos RIS, XML o semejantes. CiteUlike, mas usado por matemáticos, físicos e ingenieros, importa exclusivamente archivo BibTeX
- Exportar a archivos a formatos compatibles con otras bases de datos bibliográficas: RIS, BibTeX, y otro formatos
- Exportar a XML y hacer RSS que podremos utilizar en otros recursos de internet: Lectores de feeds, Blogs, Páginas web, Netvibes, etc
- Hacer bibliografías, imprimirlas y editarlas en los estilos más conocidos

¿Cuál es la diferencia entre Connotea y CiteUlike? ademas de algunas carácterísticas que no voy analizar aquí, lo más importanate es lo siguiente:

- CiteULike se pensó, en un un principio , para comunidades científicas ligadas a LaTeX por lo que trabaja muy bien importando BibTeX y exportando citas bibliográficas BibTeX or RIS. Pero además recupera automaticamente las citas bibliográficas de todo una gran cantidad de portales y repositorios científicos.
y siempre se pueden añadir citas bibliográficas manualmente

Connotea surgió por iniciativa de Nature, y está ligado a comunidades de Ciencias de la Salud y de Biomedicina. Importa automaticamente la información importantes portales con esta temática, aunque en total son menos portales que los CiteUlike.
Connotea importa además archivos de citas bibliográficas/enlaces con los siguiente formatos: RIS, BibTeX, EndNote,MODS, ISI Web of knowledge, Firefox bookmarks, o se pueden introducir sitios y citas manualmente. Pero no admite la introducción de citas bibliográficas sin una dirección electrónica del tipo URL, DOI, URI, etc., dando preferencia a DOI como elemento esencial. Esto me parece un inconveniente porque , al menos en comunidades hispanas, a veces las citas no corresponden a artículos electrónicos, o puede haber cierta confusión de direcciones electrónicas (buggotea). La exportación se hace a formatos RIS, BibTeX, EndNote y MODS, además de a XML con la posibilidad de crear archivos RSS.

En Digizen hay un artículo interesante sobre el tema: Aplicaciones de los marcadores sociales para la investigación . No está muy claro qué es lo mejor. Yo he utilizado varias de las opciones recomendadas.
Uso Zotero igualmente como gestor bibliográfico, además de otros de pago en mi intranet universitaria.
- Una cosa es gestionar bibliografías y otra compartirlas y marcarlas con marcadores sociales. Que yo conozca solamente Cite Ulike y Connotea cumplen todos los requisitos a la vez, lo que ocurre es que como gestor bibgliográfico gratuito Zotero es mucho mejor que los otros productos. Pero Zotero no es "social bookmarking" !Dicen que algún día que llegará a serlo!.
- Una opción que considero muy útil, gratuita, y accesible para todo el mundo puede ser utilizar Cite Ulike o Connotea como almacenes y marcadores sociales de nuestras enlaces cientificos, y combinarlos con Zotero para gestionar mejor las bibliografías y capturas de sitios no incluidos en esas otras herarmientas.